1950年5月的一天，叶仲魁老家的下库区人民政府指导员孙连绪送来一张扭成三角形的便条，通知他立即去县政府报到，参加县征粮计算编造粮串工作。1951年4月，叶仲魁开始入职，从新中国成立之初走上革命建设道路，在以后漫长的工作历程中渐渐成为一名优秀的专家型水利工作人员。

叶仲魁先参与县人民政府组织的土地造册、编造土地证等工作，后为征粮助手编造粮串和征粮。1951年秋，正式转正为国家干部，在县人民政府财粮科工作。1952年光荣加入中国共产主义青年团。1954年调入县水利办公室。解放初期，龙游县的农田水利基础还是旧社会遗留下来的，防洪防旱设施主要依靠山塘堰坝，极为简陋和落后。衢江除清末民初与汤溪县联合修筑10华里长的张峰墈防洪堤外，无其它重大水利设施，多数为自然河岸，抗灾能力低，常出现三年两头非旱即洪的景象。新中国成立初期，组织农民走集体化道路，大力发展生产，发动农民大兴农田水利，抗旱夺丰收。组织上安排叶仲魁从事水利工作，对他来说，一切都很陌生，因为与他所学的专业不对口，都得从头学起。除了学习书本知识以外，他更注重在实践中学习人民群众的治水经验，多请教、勤思考，不断总结提高。彼时，全县治水工作的重点是以蓄水防旱，还没有像样的水库工程，从上世纪50年代初才开始兴建水库等各类蓄水工程，从小到大、由点到面，掀起了兴建水利工程的崭新历史。

随着县域水利事业的迅速发展，1954年，由叶仲魁担负起治水工作。1954年，县里决定兴建第一座示范性“三爪垅”水库，这是他首次自始至终参加建设的小（二）型水库，工程历时10个月竣工。在他的水利工作生涯中，龙游县于1955年遭受了历史上罕见的特大洪灾，让他至今难以忘怀，也正是从那时起，他更加坚定了为民治水的信心和决心。