2020年1月上旬，关于武汉疫情的信息陆续传出，经历过SARS、H7N9、甲流、埃博拉等疫情的叶晓军立马警觉地意识到，或许大家又将面对一场严峻的考验了。作为市疾病预防控制中心党总支书记、主任，他组织人员收集关注各种疫情相关舆情信息，并根据琐碎的信息加以科学分析研判，提前做好了应急物资等相关准备。

在全国疫情防控工作电视电话会议召开后，叶晓军立即带领相关科室制订了新冠防控应急技术方案，组织中心全员进行新冠知识培训，成立专家组和三支应急突击队实行24小时在岗值班，同时紧急采购新冠病毒核酸检测试剂，于2020年1月21日完成了新冠肺炎病毒核酸检测预实验，成为全省最早开展检测的县市级疾控中心，为早期发现病例奠定了坚实基础。

2020年1月23日，市疾控中心接到金华首例新冠肺炎病例密切接触者的协查函，叶晓军立即组织应急队员前往调查。问询中，调查对象一句“有另外1名同事前一天也回义乌”引起了大家的警觉，流调人员随即赶赴现场调查，于当晚将其诊断为义乌市首例新冠肺炎疑似病例并最终确诊。由于发现早、隔离处置及时，没有造成疫情传播。

随后，我市接连发现15例确诊病例。每个白天，叶晓军不仅要辗转调查，协调镇街、公安及相关部门开展联合处置，还要及时掌握和处理应急队员工作中遇到的各种问题；晚上则常常要召集大家分析疫情动态，商讨下一步对策。在他的带领下，疾控中心全体职工通宵达旦奋斗在疫情防控一线，流调、消杀、检验等队伍勇于担当，展示了强大的战斗力。

据统计，疫情防控以来，叶晓军带领的团队出动流调3100余人次，开展新冠病毒检测3万余份，处置密接等人员3300余人，指导复工复产复课、各类展会保障800余人次。他表示，“外防输入，内防扩散”任重道远，接下来，中心团队将一如既往坚守防控一线，践行疾控人的使命担当。